프랑코와 살라자르의 다른 점이라고 하면 살라자르와 달리 프랑코는 대대적인 숙청을 통해 반대파들을 제거했다는 것입니다. 물론 살라자르라고 해서 숙청을 안 한 것은 아니었지만, 주로 국외추방 수준이었지 대대적인 학살이나 사형 집행을 하지는 않았습니다. 프랑코의 경우에는 적극적인 정치범 처형 등을 통해 반대세력을 적극 정리했습니다.
일단 프랑코는 내전이 끝난 뒤에도 자신에게 반대했던 공화파에 대한 학살과 공격을 중단하지 않았습니다. 때문에 승리한 팔랑헤를 중심으로 백색테러가 적극적으로 이어졌고 이 과정에서 5만여 명 이상이 학살됐습니다.
아울러 1939년 '정치적 책임법(Ley de Responsabilidades Políticas)'을 통해 1934년 10월 이후 공화파 활동에 참여한 모든 개인들을 국가 반역자로 규정, 재산을 몰수하고 사회적·경제적 활동을 제한하는 등 정치적 탄압을 시작합니다. 특히 이 법은 다른 법들과 달리 과거 제2공화국 시절 합법적으로 이뤄졌던 정치적 활동까지 그 대상으로 하고 있었고, 이에 따라 많은 사람들이 투옥되거나 재산을 몰수당하게 됩니다.
일단 벌금은 100페세타부터 필요하면 그 사람의 전 재산까지 가능했고, 연좌제가 적용돼 책임이 가족에게 전가되는 등 가혹한 법령이었습니다. 스페인 인구의 약 2%가량이 해당 법률에 적용을 받아 처벌을 받았습니다.
1년 뒤에는 '프리메이슨 및 공산주의 탄압법(Ley de Represión de la Masonería y el Comunismo)'을 제정, 정치적 활동에 대한 제한을 강하게 두었습니다. 때문에 공산주의자, 혹은 프리메이슨으로 몰린 사람들에게는 정치적인 낙인이 찍혔고, 투옥 등 숙청이 집권 초부터 계속되었습니다.